掃描電鏡樣品高度差很大時(shí)，對成像和操作都會產(chǎn)生明顯影響，而且在高倍下問題會被放大。

直接的影響是對焦困難。高度差大的樣品，不同區(qū)域需要完全不同的焦距，某一處清楚時(shí)，其他位置就會虛，尤其在高倍率下景深很淺，整體很難同時(shí)清晰。

其次是亮度和對比度不一致。樣品表面起伏大會導(dǎo)致電子收集效率變化，高處和低處信號強(qiáng)弱不同，圖像容易出現(xiàn)一邊亮、一邊暗，層次不均勻。

高度差還會引起像差和畸變。樣品局部距離物鏡太近或太遠(yuǎn)，會偏離適合的工作距離，邊緣區(qū)域更容易出現(xiàn)模糊、拉伸或變形。

如果高度差接近或超過安全工作距離，還存在撞鏡或碰探測器的風(fēng)險(xiǎn)，尤其是在調(diào)焦、換倍率或移動樣品時(shí)。

在低加速電壓和高倍成像時(shí)，高度差還會加重充電效應(yīng)，局部區(qū)域更容易發(fā)亮、閃爍或細(xì)節(jié)丟失。